Համալսարանի կառուցվածքային ստորաբաժանումներից են վարչությունները: Յուրաքանչյուր վարչություն ունի իր կանոնակարգը, կառուցվածքը, խնդիրներն ու գործառույթները:
ՅՈւ ԷՍ Ի ԷԼ համալսարանում գործում է 10 վարչություն` Ուսումնական, Գիտության և Գիտահետազոտական գործունեության, Կրթության որակի վերահսկման, Աշխատակազմի կառավարման, Ռազմավարական կառավարման, Մասնագիտական կողմնորոշման, Միջազգային հարաբերությունների, Իրավաբանական, Լրատվության և հանրության հետ կապերի, և Կրթության զարգացման, բարեփոխումների, որակի արտաքին ու ներքին ապահովման:
